一场普通的安保工作，最后发展成，危及整个国家最有地位的一群人的后代的性命的大事件。
望月云间给警察厅传讯后不久，正在做系统升级的石原怜央就和技术组其他几位顶尖成员，都打包送来了现场。
因为时间紧迫，身为特情组的成员，石原甚至没时间在脸上做些伪装，只带了个口罩。但还好的是，石原这次是和警视厅的技术员们一起来的，石原怜央明面上还是警视厅信息技术部的一员，不会引起太多关注。
结果可想而知，当前全世界范围内最杰出的天才，泽田弘树的作品，可以说是超越了这个时代的技术。即使是石原怜央也无可奈何，只能寄希望于参与游戏的孩子们，有人能够顺利通过，拯救大家。
辛多拉因为杀人未遂，直接被过来支援的公安警察带走了。本来他犯的事不足以让警察厅出面，应该是东京警视厅刑事部的目暮警官拷走，因为没死人，恐怕关几天就了事了。即使他曾经导致了弘树的死亡。
但他是被保密性一级的特情组成员制服的，北川局长绝对不会允许一个见过零组核心成员的脸并与其交过手的潜在杀人犯，在社会肆意游荡。与辛多拉有利益往来的高层来求情也好，下达命令也罢，北川浩轩都绝对不会让步。
要知道，黑色世界的消息是相通的。一旦被关注上，是有可能遭受不可想象的可怕报复。辛多拉的余生不出意外的话，应该是可以安心地蹲在公安的监狱里了。
随着时间一分一秒地流逝，五十个“茧”最终只剩下两个。不多时，其中一个也灰败下去，说明现在只有一个孩子还未被淘汰。所有大人的心都紧张起来。
虚拟世界里的柯南，最后关头与诸星两人“浑身浴血”，最终通关，也代表所有人通过了诺亚方舟的考验。
柯南与诸星来到多维空间，柯南没有回复诸星兴奋的话语，而是背对着他，将他是诺亚方舟的所有线索都讲述出来。
“已经被发现了吗，真的不愧是你啊，工藤。”
柯南猛地转过身，发现诺亚方舟竟然长着一张与自己好友十分相似的脸，只是看上去更年幼！